Un établissement romain, la « villa béonis » est, très certainement, à l’origine du nom du village. Toutefois, au Moyen-âge, les seigneurs de Villebéon sont liés à la famille des seigneurs de Nemours.

Ainsi, Ils acquièrent le titre de Chambellan du Roi de France qui restera de façon héréditaire dans la famille. Puis, La famille de Villebéon s’étant éteinte, la seigneurie est rattachée à celle d’Egreville. Le château féodal a disparu, néanmoins, les douves existent toujours dans une propriété privée.

L’église Sainte-Avoye construite en grès et en briques en 1858, a été entièrement rebâtie dans le style néo-gothique très prisé au XIXème siècle. Elle abrite la pierre tumulaire d’un prieur de Villebéon, mort en 1557. De même, Elle possède une chaire d’origine en bois, très bien conservée.

Un corps de chapelle, dans une propriété privée, dite de « Saint Laurent de Passy » existe encore. Elle est classée aux MH le 28 février 1984.

Le village possède, aussi, des puits communaux ou privés dont le puits communal en grès sur la place de l’église. Mais également, un lavoir communal, quelques restes des fossés (dans des propriétés privées), quelques bornes assez anciennes et 2 croix : la croix du facteur dans les bois de la Brandelle et la croix Sainte Opportune au hameau Les Granges.

La petite histoire de la croix du facteur :
Le 1er janvier 1829, Guillaume Toussaint Duteille, commissionnaire, c’est-à-dire facteur, né à Chéroy, âgé de 51 ans, disparait durant sa tournée. Il est retrouvé mort, le lendemain, sur le chemin entre Chenevière et Tanchères, dans les bois de la Brandelle, par deux manouvriers du hameau de Tanchères. L’abondante neige qui recouvrait les bois lui a fait perdre ses repères et il n’a pu retrouver son chemin.